渠道淤积和渠内杂草是通水的两大障碍，其危害甚大。
淤积的主要原因有山洪发生和输水过程中泥沙沉降。
山洪淤积系因干渠右岸采石场密集，石渣石粉堆积山破，汛期即发生大量石渣、石粉冲入渠道，造成淤积。如不及时清除，便影响正常放水，甚至造成事故。
输水淤积原因主要是，渠线弯道多，纵坡缓，造成渠内水流紊乱，凹面冲凸面淤。尤其是引用冶河自然水源时节，其水中泥沙含量大，淤积重，每输入一次冶河水，渠道便增加一次淤积，故必须酌情采取措施，进行清理。有的地段每年要清淤一次，有的地段则隔三五年清淤一次。在一定时期后，全干渠要进行大清淤。
1991年，七亩至里庄8公里渠段，清淤10000余米3淤积物。同年，获鹿县境内50公里渠段，一次清出土石4.75万米3。
每年6—9月，因汛期停水，渠内杂草丛生，故，每年秋季要进行一次灭草行动。1990年前，本灌区采用人工割草，各管理所人员经常用镰刀到渠内割草，所内人力不足还要动用沿渠群众帮助割草。1990年6月，采用人工喷洒灭草剂，抑制了杂草的生长，既节省了人力、财力，又取得了好的效果。